Für die Linux-Nutzer hat id Software eine neue Doom-3-Version veröffentlicht, die einige Fehler beheben soll. Zudem wurde der Code für die Sound-Ausgabe um Alsa und Mehrkanal-Sound erweitert.
Die Linux-Version ist zugleich als Server und Client geeignet. Nach der Installation müssen die Dateien pak000.pk4, pak001.pk4, pak002.pk4, pak003.pk4 und pak004.pk4 von den Win32-Installations-CDs in das "base"-Verzeichnis (Standard: "/usr/local/games/doom3/base") kopiert werden.
Systemvoraussetzungen: GNU/Linux System, Pentium 3 mit 1Ghz, 256 MB RAM, Kernel 2.4 bzw. 2.6 wird empfohlen, glibc 2.2 und höher.